La lista de expedientes a aerolíneas: Air Comet, Iberia, Air Europa, Ryanair, Vueling...

Air Comet, aerolínea del Grupo Marsans, propiedad entonces de Gerardo Díaz Ferrán, quebró en diciembre de 2009 debido a las deudas que arrastraba . Los impagos a la Asociación Internacional de Transporte Aéreo (IATA, por sus siglas en inglés) y la decisión de un tribunal de Londres de inmovilizar sus aviones e impedirle vender más billetes precipitaron el cese de sus operaciones. El Ministerio de Fomento, entonces dirigido por José Blanco, le retiró entonces la licencia y, además, desveló que un mes antes, en noviembre, le había abierto también un expediente por motivos de seguridad.

Iberia, la que fuera aerolínea de bandera española, también estuvo bajo lupa de los técnicos de Fomento. En el verano de 2006, el Ministerio abrió expediente administrativo sancionador a la compañía ahora integrada en el grupo IAG por una infracción «muy grave» por la invasión de las pistas de El Prat por parte de los empleados de tierra de la aerolínea , que protestaban por la adjudicadión del servicio de «handling» a otra empresa, lo que obligó a cerrar el aeropuerto barcelonés y generó un caos durante varios días. La Audiencia de Barcelona condenó a 23 de los 27 trabajadores implicados a dos años de cárcel.

Tras año más tarde, en enero de 2009, la ministra de Fomento del momento, Magdalena Álvarez, anunció otro expediente informativo a la compañía a la vista de supuestos incidentes en el trato a los usuarios durante la gran nevada que paralizó el aeropuerto Adolfo Suárez Madrid-Barajas , como el desembarco de pasajeros, cancelaciones y retrasos.

Fomento abrió en 2013 una investigación al grupo Globalia, en el que se integra Air Europa, por la venta supuestamente fraudulenta de billetes a Canarias, Baleares, Ceuta y Melilla durante cinco años . El Ministerio, que subvenciona los pasajes a esos destinos, tenía indicios de que Air Europa los vendía a bajo precio o incluso y aun así comunicaba a las autoridades que lo hacía a precio normal para cobrar la subvención estipulada. A finales del año pasado la compañía de viajes pagó 13,5 millones de euros a Fomento para archivar el caso.

El Ministerio de Fomento abrió en 2008 un expediente informativo a la aerolínea de bajo coste para analizar la cancelación de miles de billetes reservados por los usuarios a través de agencias de viaje «online». Posteriormente, en 2012, la Agencia Estatal de Seguridad Aérea (AESA), dependiente del Ministerio, anunció una investigación para investigar los tres aterrizajes forzosos que Ryanair efectuó en un solo día en Valencia y si los aviones viajaban con la cantidad de carburante necesario. La inspección concluyó que la compañía no había incumplido ninguna norma.