Arturo Cubillas Fontán no solo mantenía relaciones con las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC), sino que el juez de la Audiencia Nacional Eloy Velasco le considera «dirigente» de la banda terrorista ETA en Venezuela. Se trata de un salto cualitativo que queda reflejado en un auto en el que, además, se procesa al ex jefe militar etarra Mikel Kabikoitz Karrera Sarobe, «Ata»; al ex responsable del aparato político Francisco Javier López Peña, «Thierry»; y al propio Cubillas, por un delito de integración en organización terrorista en calidad de dirigentes por su colaboración con las FARC.
Velasco considera acreditado en su auto que Cubillas ha mantenido, al menos entre los años 2004 y 2008, «contacto constante, permanente, securizado y directo con la cabeza de la organización terrorista ETA y los distintos dirigentes de los comandos activos de ésta, con quienes ha coordinado y ejecutado tareas directivas de formación e instrucción, mejora de armamento y técnicas terroristas, además de haber aportado la correspondiente infraestructura, que lejos de ser episódica, trascienden la mera colaboración para conformar un delito de integración en la estructura terrorista ETA como dirigente de la misma, en el continente americano desde tierra venezolana».
En su auto, el magistrado, que investiga la alianza entre las dos organizaciones con el amparo del Gobierno venezolano, también ha procesado por un delito de tenencia de explosivos y colaboración con organización terrorista a los también etarras Ignacio Olascoaga y José Lorenzo Ayestarán, que asistieron a cursos de instrucción en campamentos de las FARC, según testificaron al juez varios miembros arrepentidos de la guerrilla.
También imputa un delito de colaboración con organización terrorista a Iurgui Mendinueta e Iraitz Guesalaga, el denominado 'informático de ETA, que habría viajado en septiembre de 2007 a Venezuela para instalarle a Cubillas un nuevo sistema de encriptado para que se comunicara con la dirección de ETA.
