Martitegi, de la 'Kale Borroka' a ETA

Ese mismo año fue acusado de tomar parte en un ataque con cócteles molotov contra la comisaría de la Ertzaintza en Amorebieta cometido el 18 de julio de 1998. El caso fue juzgado en la Audiencia Nacional que el 20 de mayo de 2004 lo absolvió al considerar que tenía coartada con "cierta base documental". El 5 de marzo de 2001 fue detenido nuevamente por agentes de la Ertzaintza acusado de formar parte de un grupo de violencia callejera. El presunto miembro de ETA, que tenía entonces veinte años, fue acusado de la colocación de un artefacto en los juzgados de Durango, de atacar una oficina bancaria de Legazpi y de otros actos violentos registrados en Galdácano. A raíz de este arresto ingresó en prisión y permaneció durante un tiempo en las cárceles de Alcalá Meco y de Daroca. En esta última fue castigado a permanecer en celdas de aislamiento por protagonizar un incidente con los funcionarios.

Jurdan Martitegi fue acusado también de intervenir en el incendio de un concesionario de automóviles de la localidad vizcaína de Iurreta, en enero de 2000, del ataque contra una sucursal bancaria de Galdacano y de otro ataque contra el cuartel de la Guardia Civil de esta misma localidad en el que resultó herido un agente del Instituto Armado por los cócteles molotov lanzados por el grupo de agresores el 1 de enero de 2000. El juicio por el ataque contra el cuartel de la Guardia Civil debía de haberse celebrado en febrero de 2006. El fiscal, en sus conclusiones previas, solicitaba una pena de 22 años de cárcel por un delito de incendio terrorista y lesiones.