Ember, un supercomputador de memoria compartida altamente paralela es el regalo que el Centro Nacional para Aplicaciones de Supercomputación (NCSA, con base en la Universidad de Illinois) ha hecho al Instituto de Biología Genómica de la misma universidad. El regalo, capaz de ejecutar simultáneamente un número enorme de operaciones, inaugura al mismo tiempo una nueva área de investigación en la universidad: la Computación Biológica de Alto Rendimiento, también conocida como Bioinformática.

Esta disciplina es la consecuencia lógica de haber logrado hitos científicos como la secuenciación del ADN, y consiste, sencillamente, en utilizar potentes herramientas informáticas para gestionar masivamente los datos que se extraen de los bancos de información biológica. El supercomputador Ember es sólo la última muestra de hacia dónde está evolucionando el estudio de las ciencias biológicas en este siglo.

Capacidades inéditas

Ember “puede realizar muchas tareas que nuestros actuales sistemas no podían. Llevábamos usándolo un tiempo bajo la supervisión del NCSA, principalmente en genómica computacional, pero tenerlo bajo nuestro mando nos permitirá un mejor acceso y resultados más rápidos”, dice Victor Jongeneel, director del grupo de Computación Biológica de Alto Rendimiento o HPCBio.

Las principales actividades de este supercomputador –cuyo precio está estimado en unos dos millones de dólares- se centrarán en la investigación genómica y en la transcriptómica (el estudio conjunto del ARN que hay en una célula) para lo que cuenta con una memoria compartida de 4 nodos de 2 terabytes, 8 en total.

Mayor envergadura y eficiencia

“En el pasado, proyectos como este quedaban incompletes, o se gastaban miles de dólares en tiempo de computación”, dice Jongeneel, y pone como ejemplo el Centro Biotecnológico Carver, ubicado en la misma universidad, que secuencia pares de ADN en segmentos de 250 bases, por lo que cuando existen miles de estos segmentos, estos se solapan y resulta muy difícil obtener una visión completa.

La memoria compartida del supercomputador Ember, por el contrario, permite que las aplicaciones funcionen con más eficiencia, organizando y conectando estos segmentos. “Esto nos va a permitir proyectos más grandes con los que hemos tenido problemas en el pasado, y ensamblajes más sencillos de genomas y transcriptomas”, dice Jongeneel.