Walter O’Brien es un genio que intenta luchar contra las amenazas del mundo moderno. En el primer episodio, O'Brien y su equipo de brillantes inadaptados ayudan al Gobierno a aterrizar unos aviones, después de que su sistema de comunicaciones haya fallado.
El equipo de genios corre en busca de aquél que utilizó un virus como arma hacia cuatro niños, uno de los cuales es la hija del gobernador. El caso afecta especialmete a Walter y el agente Gallo.
Después de fallar ante una misión de entrenamiento militar, el equipo quiere demostrar su valía ante la Seguridad Nacional. Además, un atacante amenaza con acabar con la infraestructura de internet del suroeste del país.
En contra del aviso de Cabe, el equipo se va a Las Vegas para realizar un trabajo sencillo en un casino. Una vez allí, un robo desencadena el arresto de Walter, por lo que los otros miembros del grupo intentarán limpiar su nombre y conseguir que quede libre.
Para arreglar un reactor nuclear que está al borde de causar una catástrofe en Los Ángeles, Walter y su equipo deben de aceptar a regañadientes la ayuda de un exmiembro conflictivo.
Después de encargarse de la seguridad en un museo de arte, el equipo es acusado de causar desperfectos en una pieza de valor incalculable. Deberán pasar un examen psicológico si no quieren perder el trabajo. Mientras tanto, Paige habla con el equipo para ayudar a Ralph.
El equipo sigue la pista de tres convictos que se escaparon de la cárcel y uno de ellos es un ‘hacker’ muy inteligente. Mientras tanto, Paige debe asimilar las expectativas de Ralph cuando su padre vuelve.
El equipo de Scorpion pide ayuda a un músico que ha creado un algoritmo para crear canciones de éxito con el objetivo de encontrar el asesino de un bloguero de música. Mientras, Drex pide ayuda a Walter para entablar conexión con su hijo.
O’Brien y sus compañeros tienen que ayudar a proteger a la exmujer de Cabe después de que esta ocultara una prueba que mostraría que la muerte del congresista no ha sido natural.
El equipo de Scorpion tiene la misión de recuperar la tecnología de un avión militar que ha sido derribado en Bosnia antes de que la consiga el enemigo. Además, la hermana de Walter tiene un descanso del tratamiento de su enfermedad y visita a Sylvester.
Sylvester es gravemente herido durante una investigación sobre una banda internacional de ladrones y el equipo tratará de averiguar quién es el responsable. Mientras tanto, Drew se acerca más a Ralph.
En la víspera de Navidad, el equipo Scorpion trata de salvar a un niño atrapado en una cueva junto a la playa donde la marea amenaza con ahogarlo. Mientras tanto, Paige intenta transmitir el espíritu de la Navidad a sus compañeros preparando una cena en el garaje.
El equipo intenta ayudar a Ralph cuando el FBI le interroga por haber revelado las localizaciones secretas de la CIA.
Cuando la CIA intercepta un mensaje cifrado enviado por alguien de su oficina de Los Ángeles, el equipo Scorpion debe descubrir al topo que filtró dicha información. Mientras tanto, Paige le da una lección para ligar a Walter.
Cuando un intento de ‘hackeo’ intenta lanzar un arma de destrucción masiva en Keflavik, Islandia, el equipo debe ayudar a un ex agente a refrescar su memoria porque es su única esperanza de impedir el desastre.
El equipo Scorpion se adentra de incógnito en un crucero para localizar y deshabilitar cohetes robados. Mientras tanto, el día de san Valentín se acerca; Toby y Happy ayudan a Ralph, que está viviendo su primer flechazo.
Un multimillonario tecnológico contrata al equipo para rescatar a su hija secuestrada. Mientras tanto, Walter da una entrevista y no reconoce a los otros miembros del equipo.
Cuando un conflicto en Europa del Este amenaza con escalar, llaman al equipo Scorpion para ayudar a facilitar conversaciones de paz secretas para evitar la Tercera Guerra Mundial.
Durante una misión para salvar a los excursionistas perdidos, el helicóptero del equipo Scorpion se estrella provocando un enorme incendio forestal que rápidamente se acerca a ellos.
Para proteger a un testigo clave que está en camino de testificar contra un cártel de drogas, el equipo debe fugarse con la testigo y con los delicuentes pisándole los talones.
Walter descubre el secreto que escode Cabe de su misión en Bagdad y amenaza con contarlo al resto del equipo. Mientras tanto, Ralph pone su vida en riesgo para ayudar al equipo.
El equipo esta destrozado y con un futuro incierto pero debe unirse una vez más mientras la vida de Walter corre peligro.
