Phil y Carol arrancan la segunda temporada dejando Tucson para seguir su propio viaje por Estados Unidos. A pesar de que Carol desea regresar, Phil se niega. Mientras tanto, en el espacio, el hermano de Phil busca el rastro de vida humana con el telescopio.
Phil vuelve a Tucson y envía un mensaje a Carol mediante el tren. Además, en la antigua casa de Carol encuentra una carta de Melissa pidiéndole que se unan al resto de grupo en Malibú.
Tras un error de Carol con un nuevo miembro de la tripulación del Tucson, ésta intenta rehacerse contando una mentira. Sin embargo, lo que hace Carol resulta todavía más difícil de superar.
Phil consigue volver a ser aceptado por el grupo tras haberse rehecho de sus errores. Sin embargo, tendrá que hacer frente a las consecuencias por los actos que lo llevaron a abandonar Tucson.
Pese a que en Tucson hay pocos habitantes, este hecho no impide que se puedan tener oscuros secretos. Por ello, Phil descubre qué esconde Todd en casa. Además, Melissa se hace un corte en el dedo.
Phil y Todd recuperan la amistad que compartieron en Tucson pasando más tiempo juntos. Además, crece la tensión entre los dos Phil y Carol alcanza un punto crítico.
Erica anuncia que está embarazada de Phil 2, justo cuando este estaba a punto de abandonar Malibú. Ante la noticia, Phil 2 tendrá que elegir entre su hijo no nato o una mayor probabilidad de sobrevivir en solitario.
Phil 2 se ve sometido a un duro castigo al causar problemas en el grupo.
El virus que acabó con casi toda la raza humana también se llevó por delante las tradiciones y festividades. Por ello, a medida que se acerca la Navidad, Carol trata de instaurar un intercambio de regalos para recuperar cierta alegría festiva.
A Phil le diagnostican apendicitis, por lo que alguien del grupo tendrá que llevar a cabo una cirugía de urgencia. Además, Melissa y Todd tratan de solucionar los problemas de su relación y Mike toma una decisión acerca de regresa a la tierra.
La cápsula espacial de Mike Miller atraviesa el cielo y aterriza en la Tierra, situándolo en el mismo planeta que su hermano mayor Phil. Sin embargo, la primera persona con la que se encuentra es un hombre que se alejó del virus en un bote.
El grupo de supervivientes trata de recuperarse tras la muerte de Phil 2, quien recibe un funeral. Mientras tanto, Todd y Melissa tratan de sobrellevar las consecuencias de la sorprendente propuesta que ella hizo.
Carol regresa a la campaña de repoblación con Phill. Finalmente, un acto de Todd algo malabarístico acaba poniendo la situación y a la propia Carol al límite.
Phil descubre que su hermano sigue vivo y, por fin, se reencuentran. Además, Todd trata de solucionar un problema que tiene con las chicas.
Sin mucho más que hacer, Tandy inicia una guerra de bromas dentro del grupo. Mientras tanto, Todd marca territorio y se muestra demasiado honesto con sus dos amantes.
Mike decide ejercer como padre del bebé de Phil y Carol, quitando esa responsabilidad a Todd. Esto preocupa a Phil, que cree que Carol acabará enamorándose de su hermano. Además, el consumo de vino por parte de Gail resulta problemático.
Todd se siente excluido ya que Tandy está pendiente de que su hermano mayor se aclimate de nuevo a la Tierra. Mientras, Mike descubre cosas de Erica que el grupo desconocía.
En el final de temporada, Phil sale él solo para poderlo encontrar a Mike tras su fuga. Juntos vivirán experiencias que harán crecer su relación. Además, el grupo de Malibú recibirá una gran sorpresa. Sin embargo, las consecuencias les aportará más dolores de cabeza.