Juan José Ibarretxe opta por cuarta vez a la presidencia del Gobierno vasco, a la que llegó en 1999 con el apoyo de Euskal Herritarrok, la marca parlamentaria que utilizaba en aquel momento la izquierda abertzale. Mediada la actual legislatura, el PNV, entonces dirigido por Josu Jon Imaz, tenía previsto sustituirle como candidato a lendakari. Sin embargo, la crítica pública de Imaz a la pretensión de Ibarretxe de convocar un referéndum con ETA en activo provocó, en julio de 2007, una revuelta interna en el PNV que se saldó con un acuerdo de consenso que supuso la sustitución de Imaz por Urkullu al frente del partido.
El difícil equilibrio interno del PNV es la causa por la que Ibarretxe ha vuelto a ser designado candidato a lendakari, a pesar del mal resultado electoral de la coalición PNV-EA en las últimas elecciones autonómicas. En éstas, ni siquiera contará a priori con el apoyo de EA.
Los mensajes del PNV y de su candidato a lendakari no siempre coinciden. Ibarretxe insiste en la consulta a la sociedad vasca y en sus planes soberanistas, que ha convertido en su seña de identidad, mientras que desde la dirección del partido se ponen en marcha iniciativas para acercar las propuestas políticas a los intereses reales de los ciudadanos.
Cuando accedió a la presidencia del Gobierno vasco, Juan José Ibarretxe, hasta ese momento vicelendakari del último gobierno de José Antonio Ardanza, no sabía euskera. Ahora, lo utiliza habitualmente y también se maneja en inglés, lo que le ha resultado muy útil en sus múltiples campañas de promoción de sus planes en el extranjero.
Aunque los socialistas han aprobado los Presupuestos de su gobierno durante la presente legislatura, Ibarretxe no se lleva bien con los dirigentes del PSE. Prefiere a la izquierda abertzale como interlocutor y eso le ha costado una causa penal, archivada a menos de dos meses de la fecha fijada para las elecciones autonómicas, aunque pendiente de un recurso presentado ante el Supremo.