El laboratorio que pone el ‘apellido’ al Covid

Fue entonces cuando Marta Hernández siguió cavilando sobre cómo podría seguir el Itacyl prestando apoyo en esta pandemia. Desde el laboratorio llevaban cinco años secuenciando genomas de microorganismos, tanto bacterias como virus. ¿Por qué no hacerlo con el SARS-CoV-2? «Pensé que era necesario secuenciar porque sabía que los ingleses, que han sido colegas nuestros en colaboraciones previas a este virus, lo estaban haciendo, pero al principio no lo creyeron pertinente».

Todo cambió con la aparición de la variante Alfa -la ‘británica’-. Fue entonces, por Navidad, cuando el jefe de la Unidad de Microbiología del Hospital Clínico Universitario de Valladolid, el doctor Antonio Orduña, y el también facultativo José María Eiros contactaron con ella para preguntarle si el Laboratorio de Biología Molecular sería capaz de secuenciar. Tenían sospechas de que la variante Alfa estaba circulando por Castilla y León y querían cerciorarse. Dicho y hecho. El 1 de enero las instalaciones del Itacyl se metieron en faena. Al principio no fue sencillo: «Tuvimos que optimizar el protocolo, pero lo pusimos a punto y empezamos».

Después, todo fue rodado. Con el tiempo, en este laboratorio han sido capaces de analizar de forma más rápida. «Si cuando comenzamos hacíamos cien muestras a la semana, ahora estamos en 1.200. Es una barbaridad», destaca la veterinaria. También han podido economizar: «Secuenciar un genoma nos sale a unos 20 euros cuando hace 15 años eran 100.000». Así, Castilla y León se ha convertido en la autonomía que más secuencia el virus, superando a la Comunidad de Madrid y Cataluña, apunta la investigadora, quien detalla que la pasada semana llegaron a las «12.500 muestras» analizadas: «En cuanto llega una ola, hay un pico de trabajo. Ahora pensábamos que iba a bajar, pero han incrementado la presión sobre la secuenciación».

Junto a esta investigadora, que acumula 16 años de experiencia en el centro, están trabajando ahora mismo otras cuatro personas, entre investigadores, técnicos y veterinarios. Algunos pertenecen al propio Itacyl, otros son personal del Clínico y también hay contratos proporcionados por la Universidad de Valladolid (UVA). Uno de ellos es el técnico bioinformático David Abad, cuya aportación es «fundamental», destaca Hernández. Él -explica el aludido-, a través de un software libre específico desarrollado por informáticos a nivel mundial, obtiene como resultado final el genoma del coronavirus, «de donde se sacará la información pertinente sobre linajes, mutaciones, etc».

Hoy, estas instalaciones se han convertido en laboratorio de referencia en Castilla y León, y por lo tanto, reciben muestras de los servicios de microbiología de cada uno de los hospitales de la Comunidad, cuyo trabajo de recogida y procesamiento de datos es vital, recalca la investigadora. Son dichos servicios los encargados de designar la cantidad de muestras que hay que secuenciar para hacer esa vigilancia epidemiológica. Cada muestra viene asociada a unos datos clínicos, a los que, por protección de datos, sólo tiene acceso Marta Hernández.

Este laboratorio se ha convertido también en una de las instalaciones de referencia designadas por el Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias Sanitarias, por lo que sus investigadores participan con asiduidad en reuniones de vigilancia a nivel nacional sobre las variantes.

Destaca Marta Hernández que la rapidez adquirida les está permitiendo secuenciar «prácticamente al día lo que nos mandan. Nos demoramos lo que tarda la propia técnica, por lo que tenemos información actualizada de lo que va sucediendo en Castilla y León con el virus. Si va evolucionando o no, si hay algún caso grave que se pueda asignar a una mutación...». «El Itacyl cuenta con el segundo secuenciador más potente en cuanto a generación de datos; el primero, está en el Clínico», añade David Abad.

¿Pero en qué consiste la secuenciación? Básicamente, en obtener la información genética que tiene un organismo. Antes, los técnicos deben contar con el genoma del virus, cuya extracción se realiza a partir de una muestra en el laboratorio de bioseguridad de nivel 3 con el que cuenta la Universidad de Valladolid. «Una vez que tenemos ya el genoma, es cuando podemos secuenciarlo». Extraído el ADN, se divide en partes, «como si fuera un puzzle», y se analiza para, al final, determinar las letras y compararlas con los diferentes linajes con el fin de asociarlas a uno de ellos.

Recuerda la investigadora que actualmente hay más de 1.500 linajes descritos del virus -el laboratorio del Itacyl ha detectado unos 50-. Su descripción sirve para seguir su evolución temporal y geográfica. No todos son conocidos por la población general, los que llegan es porque han sido decretados «variante preocupante o de interés». Es el caso de la Delta (o ‘india’), de la que el laboratorio del Itacyl ya ha identificado los doce subtipos que hay descritos: «Eso no se había visto en la Alfa (la ‘británica’). La Delta es una variante mucho más infecciosa y que ha acumulado algunas mutaciones que la hacen diferente», detalla Marta Hernández, quien recuerda que el coronavirus «es un virus de 30.000 letras, por lo que tiene muchos sitios donde mutar, y aunque lo hace poco porque tiene un sistema de corrección, lo replicamos mucho y por eso cambia; de ahí que las autoridades insistan en que hay que detener la infección». «Los investigadores, por mucho que nos empeñemos, no sabemos a donde va a mutar. Puedes presuponer que, como ocurre en la mayoría de los virus, se tenderá a hacer menos letal y más infeccioso para perdurar en la especie, pero no lo sabes. Los ingleses han publicado hasta cuatro escenarios posibles», recuerda, y por ello vuelve a subrayar que «la vigilancia es fundamental».

Han ido pasando los meses y el laboratorio ha ganado en rapidez, pero insiste su responsable en que no les pilló neófitos en la materia. «Antes de la pandemia hacíamos lo mismo, pero sobre todo en bacterias que son resistentes a antibióticos, y en otras que andan por la industria alimentaria, también para vigilar sus variantes». Además, añade, «el coronavirus es mucho más sencillo de secuenciar. Hablamos de un virus de 30.000 letras cuando las bacterias tienen, como mínimo, tres millones».

¿Y qué hacen después con las muestras? «Tenemos la obligación de custodiarlas, al menos por un año». Para ello, son almacenadas a -80 grados en un banco que se ubica en la UVA. No pueden hacer nada más con ellas. Para que sirvieran en trabajos de investigación debe estar previamente autorizado por un comité ético: «En el Itacyl, cultivamos otros virus y hacemos pruebas de virulencia sobre cultivo celular. Eso sería muy interesante hacerlo en coronavirus, pero no estamos autorizados».

Marta Hernández no sabe si esta nueva tarea del Itacyl perdurará en el futuro, aunque lo cierto es que todas las líneas de financiación disponibles en Europa para investigación han virado hacia el coronavirus: «Los americanos han dado dinero a Europa para que secuencie». Ella, por lo pronto, está muy agradecida del apoyo recibido por el consejero de Agricultura y Ganadería, Jesús Julio Carnero, para meterse en faena: «Si no hubiera respaldado el convenio que tenemos con Sanidad, no nos habríamos podido dedicar a esto».