Un paraíso para especies endémicas
Entre las rapaces existentes en Chinijo se encuentran en peligro de extinción el guirre (alimoche), el águila pescadora, cuya población es una de las más importantes de España, y el halcón togorote; también se encuentra aquí la única colonia de cría en España del halcón ... de Eleonor.
La flora consta de 390 especies y presenta la mayor densidad de endemismos de Europa. Además, hay más de 400 especies de invertebrados, de los cuales el 33 por ciento son endemismos y existen, asimismo, tres especies endémicas canarias de reptiles: el lagarto atlántico, el perenquén rugoso y la lisneja.
En el islote de Montaña Clara se encuentra la musaraña canaria, el único mamífero terrestre autóctono de Canarias. En las aguas del Archipiélago viven 228 especies de peces -romero capitán, corvina, sama zapata, cabrilla pintada, mero y pejeperro-- así como tortugas boba, carey y golfina, todas ellas en peligro de extinción.
Los mamíferos marinos, como el delfín mular, el zifio de Cuvier y la foca monje atraviesan Chinijo durante sus migraciones.
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