Los estudios genéticos certifican el alma mestiza de los mexicanos

Sin embargo, la gran mayoría de la población en México son mestizos y no indígenas, es decir, son mezcla de indígenas, africanos y europeos. Con la victoria de las tropas de Cortés sobre Tenochtitlán (actual Ciudad de México) en 1521, España consigue someter a los mexicas, pero el proceso de conquista se extenderá durante todo el Siglo XVI con diversas expediciones para conquistar el territorio que hoy compone el estado mexicano. Con el apoyo de aliados locales como los tlaxcaltecas, el Imperio español va progresivamente extendiendo la Nueva España .

De acuerdo con el estudio de «Science», el mexicano promedio es aproximadamente 45% europeo, un 45% indígena y apenas un 10% africanos . Entre los genes europeos, los más predominantes son los españoles— especialmente vascos, gallegos y andaluces —, italianos, griegos, portugueses, franceses, belgas, suizos, alemanes, británicos e incluso nórdicos. La presencia de europeos tiene mayor prevalencia en estados del norte y centro del país, como Sonora, Durango, Tamaulipas, Jalisco y Zacatecas; mientras que los del sur como Campeche, Oaxaca, Campeche y Guerrero tienen menor presencia. Entre los genes indígenas, apunta que hay enromes diferencias . Así, entre un indígena seri del norte del país y un maya del sur hay tanta diferencia como entre un chino o un europeo.

La llegada de los españoles durante el Siglo XVI tuvo un trágico impacto en las poblaciones mesoamericanas, ya que llegada de enfermedades como el sarampión y la viruela para los que los indígenas no estaban inmunizados. En 1519, se estima que la población era de unos 25 millones, pero un siglo después era de apenas 1 millón como resultado de las enfermedades. Una de las mayores epidemias fue la del «cocoliztli», ‘pestilencia’ en náhuatl , que eliminó entre 7 y 18 millones de personas de 1545 a 1576, enfermedad que un reciente estudio considera que podría haberse tratado de un brote de salmonela.