En busca de las proteínas humanas «perdidas»

En concreto, según informa la Universidad Complutense de Madrid (UCM) , uno de los centros españoles que ha participado en el desarrollo de dicha herramienta que describe la revista « Journal of Proteome Research », se estima que estas proteínas «perdidas» representan entre un 15 y 18 por ciento de todo el mapa protéico.

«Son proteínas de las que se supone su existencia por los datos obtenidos de la secuenciación del genoma y de los estudios de transcriptómica (transcripción de genes), pero de las que no se tiene evidencia desde el punto de vista experimental», ha explicado Concha Gil, directora de la Unidad de Proteómica de la UCM.

Los autores reconocen que la importancia de estas biomoléculas «perdidas» está por ver , ya que dependerá de la función que desempeñen y de su actividad biológica, pero «es fundamental ser capaces de identificarlas y cuantificarlas para tener una imagen completa del proteoma humano (conjunto de proteínas) y tener herramientas necesarias de estudio en caso de que cualquiera de ellas tenga que ser utilizada en el diagnóstico, pronóstico o evolución de una enfermedad», ha añadido.

El consorcio español de dicho proyecto, liderado por Fernando Corrales, de la Universidad de Navarra , se ha encargado de caracterizar todas las proteínas codificadas por los genes del cromosoma 16, que suman 836, incluyendo tanto las 743 conocidas como las 93 'perdidas'.

Los investigadores han desarrollado herramientas para buscar estas biomoléculas en muestras biológicas como suero, líquido cefalorraquídeo, orina, líneas celulares y tejidos.

«La novedad de esta aproximación radica en que, en lugar de realizar una búsqueda a ciegas de las proteínas, partimos de la información obtenida de una proteína sintética , de forma que conocemos qué es lo que tenemos que buscar antes de enfrentarnos a una muestra biológica», detalla Gil.

Estos datos se cruzan con otros procedentes de numerosos estudios y repositorios públicos de datos de proteómica para tener información de células, tejidos y líquidos biológicos donde es más probable encontrar cada una de estas proteínas.

Además, para facilitar la búsqueda de esta cantidad ingente de información se ha creado el portal web «dasHPPboard», que recoge resultados experimentales provenientes del proyecto y también de otros proyectos como «ENCODE» e «Illumina Human BodyMap».

« Estos resultados se han procesado y filtrado utilizando algoritmos muy novedosos y unificando su formato , ya que lidiar con diferentes identificadores de genes o proteínas, y formatos de ficheros suele ser un quebradero de cabeza a los investigadores experimentalistas», destaca Carlos García, científico de la facultad de Informática de la UCM y uno de los autores de esta herramienta.

De este modo, introduciendo el nombre de la proteína en el buscador permite navegar por la lista de resultados hasta que encuentren un tejido o línea celular de su interés. «Poder aunar gran cantidad de resultados de expresión génica para intentar comprender qué proteínas están produciendo esos mismos genes nos parece un proyecto apasionante», ha explicado.