El 22 de noviembre de 2002, la Conferencia Episcopal aprobaba, con 63 votos a favor, 8 en contra y 5 abstenciones, la Instrucción Pastoral «Valoración moral del terrorismo en España, de sus causas y sus consecuencias», en las que ya se incluía la condena al nacionalismo excluyente y se consideraba «moralmente inadmisible» la reclamación unilateral de la independencia por parte de un territorio.
Entre los que votaron en contra del texto se encontraban tres de los cuatro obispos vascos -Uriarte, titular de San Sebastián; Asurmendi, de Vitoria; y Etxenagusía, auxiliar de Bilbao-. Sólo Ricardo Blázquez, obispo de Bilbao y por aquel tiempo considerado «hombre de Rouco», se abstuvo en una jornada tensa, en la que el obispo auxiliar de Madrid -y uno de los gestores del texto, junto al arzobispo de Pamplona, Fernando Sebastián-, Eugenio Romero Pose, leyó una y otra vez cada frase del documento -el original no estaba en las carpetas de los obispos- y en la que el propio cardenal Rouco obligó a sus hermanos en el Episcopado a votar tanto el borrador como el texto final.
La Instrucción Pastoral, que veía la luz apenas seis meses después de la polémica carta pastoral de los obispos vascos «Preparar la paz», en la que los prelados alertaban de las «consecuencias sombrías» de la ilegalización de Batasuna, también contó con el voto en contra de cinco obispos catalanes, quienes a pesar de estar radicalmente en contra de ETA y sus secuaces, interpretaron la condena al nacionalismo excluyente como una negativa a todo tipo de nacionalismo.
El obispo de San Sebastián, Juan María Uriarte, fue más allá, y nada más llegar a su diócesis emitió un comunicado a sus diocesanos indicando que la Instrucción «ha sido aprobada legítimamente», aunque señalaba que el texto «no es en sí mismo moralmente vinculante para la formación del criterio y del comportamiento de todos los creyentes, puesto que no constituye un documento doctrinal que haya sido aprobado por unanimidad o ratificado por la Santa Sede».
